Родился 13 июля 1909 года в городе Саратове в семье рабочего.
Участник Великой Отечественной войны с июня 1941 года. Командир подводной лодки "С-7" (бригада подводных лодок, Балтийский флот) капитан 3-го ранга Лисин С.П. к сентябрю 1942 года совершил 4 боевых похода продолжительностью 90 суток. Выполнил 9 торпедных атак, израсходовал 12 торпед. Лодка потопила 4 вражеских транспорта (3 - торпедами, 1 - артиллерийским огнём) и повредила один. Из пяти заявленных С.П. Лисиным побед 4 подтверждаются данными противника, ряд исследователей полагают вполне достоверной и его пятую заявленную победу.
За образцовое выполнение заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистскими захватчиками и проявленные при этом отвагу и геройство капитану 3-го ранга Лисину Сергею Прокофьевичу присвоено звание Героя Советского Союза Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 октября 1942 года.